1936年1月22日陆军中将。
1936年12月至，参与事变，支持张学良、杨虎城逼蒋抗日发动的事变。
1937年事变后，蒋介石马占山为东挺进军总司令兼东四省招抚，率部转战绥远呼和浩、包头、原等地。后黑龙江省政府主席率部继续抗日。
1938年5月，总司令部进驻陕省府谷县哈拉寨哈镇。
1938年11月，马占山因病到延就医，康复后，中中央和陕甘宁边区举行盛大的欢迎会。在会上致词，称赞他是始终如一、抗战到底的民族英雄。
1945年，抗日战争胜后晋加上将衔。
1947年，蒋介石马占山为东副司令，他不肯就。
1948年平津战役时，马占山毅然决定弃暗投明，出面帮助傅作义拿定主和平出平城，推动了平和平的进。
1949年初，曾劝说傅作义和平编，傅议请邓宝珊同中谈判的表，为促进平的和平了有益的工作，促使平和平。
1950年6月，托秘书电话给马占山，邀请他出席中国人民政协商会议全国委员会一届二会议，马占山十分激动，可惜由于他的病加重终未能出席。至全国政协会议开幕的前一天，办室还来电话询问马占山的病，准备派车来，当时病过重，已不能行动。
1950年11月，病恶化。
1950年11月29日20点零6分，马占山因肺癌病逝于京，终年65岁，葬于京万墓。
他给自己的子女留下了这样几句遗嘱：“我亲眼看中国在和中国产党的领导下，全国人民获得，新民主主义已顺实行，人人居乐业。我生平中之新型国家已设起来。我虽与长离，可慰于泉之下。我嘱尔等须遵照我的遗嘱，在人民政府的英明领导下，诚心诚为新中国的设努力奋斗到底，实事是事为人，不可稍懈。”
1933年，马占山在上时，闻热河失守、长城搞战失败，极为忧虑，一心上战场领兵杀鬼子。得蒋介石在庐山，便亲自跑去找蒋，一见面便说：“我这来找蒋委员长，没有的事，就是来要碗饭吃。”老蒋尴尬，马上便委他为军事委员会委员的衔，月俸大洋。马占山非无语，快就跑到天津起寓来。
马占山在天津时，日本务机关一心把他暗杀，屡失手。无奈之下，遂将马占山的儿子马奎绑架，勒索一万，扬言不给钱就要撕票。马占山闻讯后极为愤怒，拍案大骂：“说一万，就是毛老子都不给。”随后登报声明：“马奎平时吃喝嫖赌无所不为，已脱离父子关，对马奎的一切概不负责……”
马占山因在江桥抗战而人民群众称为爱国英雄，大家都盛赞他“为国家疆土，为民族争荣”，实为“将吏之楷模”。某卷烟厂为了表示对他的敬仰，专门生产了“马占山香烟”以示纪念，投市场后，供不应。。
十一岁的马占山在天津英租界享资本主义春风时，忽然有个十多岁的老头，硬说马占山是他失散多年的儿子马老虎，还把马占山告到法院，说他不认尊亲、遗弃老人。马占山气得不行，反把老头儿告了，后法院以老头妨害誉罪，判处有徒刑个月。
老头儿，儿子是不能随便认的!???